A bacia banhada pelo rio tem área da 738 quilômetros quadrados, sendo que 342 quilômetros quadrados estão dentro do Parque Estadual da Serra do Tabuleiro, unidade de conservação ambiental. A área da nascente, localizada a 700 metros de altitude, caracteriza-se pelas rochas sedimentares pouco resistentes, enquanto na maior parte do seu curso existem rochas cristalinas mais antigas e bastante erodidas.
Desse rio vem a água que abastece a maior parte dos municípios de Florianópolis, São José, Palhoça e Biguaçu.
No trecho em que passa na cidade de Santo Amaro da Imperatriz há corredeiras utilizadas para a prática do rafting. Os turistas percorrem três quilômetros e meio desde o Poço Azul do Salto até o início de Santo Amaro, durante uma hora e meia. As principais corredeiras são: Carrossel, Babilônia, Via Americana, Calcanhar da Imperatriz, Saco Grande, Corredeira do Saco, Corredeira do S, Surf do Caldeirão e a Corredeira Hide-Side.
Seus principais afluentes são os rios dos Bugres, Forquilhinha e Matias, na margem esquerda, e os rios das Antas, Ribeirão Vermelho, das Águas Claras e Vargem do Braço ou Pilões, na margem direita.
As condições naturais da bacia do rio Cubatão, ao longo dos anos, foram em muito modificadas pela ação do homem, incrementando o ritmo da erosão, ocasionando o assoreamento de baixadas e mesmo da própria baía Sul, como se observa nas imagens de satélite através da mancha de sedimentos em suspensão que adentra pela baía. Entre os principais problemas enfrentados pelo Rio Cubatão do Sul, figuram: o extrativismo vegetal e desmatamentos para a ampliação da área agrícola, fabricação de carvão e comércio de madeiras; o uso desordenado de agrotóxicos; o lançamento de esgotos de origem humana e animal e de lixo doméstico e hospitalar; e a extração desordenada de areia para construção civil.
Fonte: Wikipédia
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